Herregården fik for størstedelen sit nuværende udseende i
første halvdel af 1600-tallet, hvor Christian IV's rigsråd Eske
Brock (1560-1625) ombyggede og moderniserede huset. Eske Brock var
en af Danmarks rigeste mænd i sin samtid, og han er især kendt
fordi han førte dagbog. De bevarede dagbøger giver et enestående
indtryk af hverdagslivet for en rig adelsmand på Christian IV's
tid. Eske Brock er den første af Gammel Estrups ejere, hvis portræt
findes på godset.
Familien Brock ejede ikke kun Gammel Estrup. Herregården var en del
af et større godskompleks med adskillige andre skiftende godser og
herregårde. Eske Brock efterlod sig ingen sønner, men hans datter
Jytte Brock (1595-1640) og hendes mand Jørgen Skeel (1578-1631)
arvede Gammel Estrup ved Eske Brocks død. Jørgen Skeel var en meget
magtfuld mand, idet han var rigsråd (medlem af regeringen) og
rigsmarsk (krigsminister), og han var så mægtig, at han kunne
udfordre Christian IV's magt.